Základ nemocnice tvořily dva velké sály, jeden pro ženy, druhý pro muže. Měla pouhá dvě oddělení, interní a „externí" neboli chirurgické. Infekční pacienti se vzteklinou či pravými neštovicemi byli izolováni ve dvou dřevěných domcích na zahradě.

Nemocnice původně měla 80 lůžek, po dvaceti lůžkách bylo v porodnici, nalezinci a sirotčinci a pět lůžek v oddělení pro pomatené. V průběhu 19. století se v nemocnici postupně zaváděly moderní léčebné metody a v jeho druhé polovině, kdy budovy u sv. Anny přestaly vyhovovat novým provozním a hygienickým požadavkům, prošel její areál rozsáhlou rekonstrukcí. Na jejím konci stoupla kapacita nemocnice na bezmála 800 lůžek.

Další rozmach přišel v průběhu 20. století, kdy zde vznikla i klinická pracoviště nové Masarykovy univerzity. Dnes je nemocnice u svaté Anny, pod kterou spadá i několik detašovaných pracovišť, jednou ze dvou fakultních nemocnic v Brně. Zaměstnává 3100 lidí a nabízí 913 lůžek. V roce 2014 zde bylo hospitalizováno zhruba 27.000 pacientů a více než 1,250.000 osob zde bylo ambulantně ošetřeno a vyšetřeno.