Jde přitom o největší komplex lužních lesů ve střední Evropě. Právě lužní lesy spolu s vlhkými loukami, tůněmi, mokřady, meandry a slepými říčními rameny hrají v krajině Soutoku zásadní roli. Území je známé svojí mimořádnou biodiverzitou. Podle zoologa Davida Horala z Oddělení sledování stavu biodiverzity Agentura ochrany přírody a krajiny ČR je daná lokalita pro celou řadu druhů buď jedinou, nejpočetnější nebo nejhustější z hlediska jejich populace. Významné zastoupení tu mají ryby, ptáci nebo hmyz.
„Je to tím, že sem pronikají ryby z dunajského povodí. Je to také velice bohatá lokalita na obojživelníky, rozmnožuje se jich tu jedenáct druhů. Další skupinou jsou saproxylofágní druhy brouků, to znamená brouci, kteří se živí dřevem. Nedávno tam byl objevený nový druh brouka koževěda moravského. Bylo tu zjištěno rovněž 250 druhů ptáků, z toho zhruba 120 z nich tu hnízdí,“ uvedl Horal.

Soutok je podle něj významnou lokalitou na dravé ptáky. Hnízdí tu například orel královský. Po dlouhou dobu byl přitom Soutok jedinou lokalitou u nás, kde se tento velký dravec nacházel. Hnízdí tu také populace orlů mořských. Soutok je i tuzemsky nejvýznamnější lokalitou luňáků. A významnou skupinou jsou nakonec rovněž druhy, které hnízdí v dutinách stromů a jsou navázané na staré lesní porosty, jako je luna šedá nebo strakapoud prostřední, které tu jsou nejhustěji zastoupené. Soutok je totiž známý starobylými osaměle rostoucími duby.
Právě druhům navázaným na staré lesní porosty moderní lesní hospodářství v podobě vytváření stejnověkých monokultur na plochách i přes sto hektarů nesvědčí. Při vytváření monokultur se totiž určitá část lesa naráz vykácí a vznikne pole, na kterém se následně vysadí nové sazenice. Tento způsob hospodaření je motivovaný co možná největší efektivitou. Všechny stromy jsou stejně staré, rostou v pravidelných rozestupech, jsou stejně zastíněné nebo osluněné a produkují to samé dřevo. Pro člověka výhodné, pro ostatní druhy nikoli. Například pro ptáky nebo hmyz jsou takové podmínky velmi chudé.

„Podmínky, počasí i roční doba se mění. Někdy hledají něco k přezimování, jindy se chtějí rozmnožovat, někdy hledají potravu. Jednou proto hledají místo, které je více ve stínu, kde je více vody, nebo naopak méně, jindy potřebují strom, který má alespoň metr v průměru nebo hledají mladé listí na čerstvých větvích. Pro mnoho druhů je však už obtížné ideální strom najít. Pokud to však zkusí opakovaně a vždycky narazí na stejný třicetiletý dub, může je to vyčerpat a může se stát, že svůj strom už nenajdou. Nachází-li se totiž v daném místě pouze jedna možnost, která danému druhu zrovna nevyhovuje, nemusí být schopný se s tím vypořádat, což je i důvod, proč některé druhy z krajiny mizí,“ vysvětlil ředitel jihomoravského pracoviště Agentury ochrany přírody a krajiny ČR Stanislav Koukal.
Právě druhovou pestrostí je přitom Soutok Moravy a Dyje unikátní. Na místních loukách jsou vedle sebe několik desítek metrů vzdálené rostliny, které jsou jinde vzdálené i stovky kilometrů. Způsobeno je to tím, že i místa od sebe pár metrů vzdálená se liší svojí nadmořskou výškou. „Jde hlavně o proměnlivost prostředí, které dává šanci druhům ohroženým vyhynutím si vždycky nějaké vhodné místo najít,“ dodal Koukal.

Intenzivní lesní hospodářství potom škodí i osaměle rostoucím stromům. Takzvané staroduby v lese, který je přetvářený moderním způsobem, už nevyrostou. I mezi rostlinami se pak na Soutoku nacházejí druhy, které jsou vyhynutím ohrožené. Mezi nimi například kopřiva lužní.
Oblast Soutoku Moravy a Dyje dosud určité míry ochrany požívala. Částečnou ochranu přírody jí zajišťovaly maloplošná zvláště chráněná území. Chráněné jsou i jednotlivé druhy rostlin a živočichů. Velkoplošná ochrana ale chyběla.
„Za více než tři desítky let se nenašla politická síla, která by tento moravský přírodní unikát, pro svůj jedinečný charakter laicky přirovnávaný k Amazonii, ochránila celistvě. V aktualizovaném vládním programovém prohlášení jsme se zavázali, že rozšíříme plochu zvláště chráněných území a připravíme podklady k vyhlášení Národního parku Soutok,“ sdělil náměstek ministra životního prostředí Petr Hladík s tím, že nejvhodnější forma velkoplošné ochrany tohoto území by byla chráněná krajinná oblast. Výhledově by však v místech mohl vzniknout také národní park.

Ten je potom dalším stupněm ochrany daného území a k jeho zřízení by tak orgány přistoupily, pokud by se ochrana v podobě chráněné krajinné oblasti ukázala být jako nedostatečná. Zatímco chráněná krajinná oblast hospodaření v krajině umožňuje, národní park už nikoli. Jeho zřízení je navíc legislativně náročnější. Koukal však upozorňuje, že určitá míra hospodaření k udržení druhové pestrosti přispívá.