Pochybení ministerstva objevil NKÚ při kontrole projektu silnice R52. „Nedostatky jsou zejména v koncepční přípravě silničního spojení Brno–Vídeň a vyplývají z dlouhodobé koncepční nečinnosti ministerstva dopravy. Ta může vést až k ohrožení finanční účasti Evropské unie na tomto projektu,“ konstatoval ve své zprávě člen NKÚ Petr Skála.

Zpráva NKÚ poukazuje mimo jiné na to, že se ministerstvo dopravy nezabývalo společenskou problematikou silničního spojení Brna s Vídní nebo že nerespektovalo stanovisko ministerstva životního prostředí.

Se závěry NKÚ souhlasí i sdružení Děti Země. „Kontroloři NKÚ dali za pravdu nezávislým odborníkům, dotčeným obcím, závěrům veřejného ochránce práv i občanských sdružením, že výběr silničního spojení mezi Českem a Rakouskem provedlo ministerstvo dopravy nekoncepčně, chaoticky a bez ohledu na zájmy ochrany přírody a společenskou efektivnost,“ komentoval výsledky zprávy Miroslav Patrik z Dětí Země.